Az RPI alapfeladata az óvodákban és az iskolákban folyó pedagógiai munka segítése. Szakmai ajánlásokat, taneszköz-jegyzéket, szakértői és szaktanácsadói névjegyzékeket készít, koordinálja az éves versenynaptárat, segíti és fejleszti a hitoktatást. A továbbképzések, a tankönyvkiadás, a szaktanácsadás, a kerettantervi munkálatok és a folyóirat-kiadás jelentették a fokozatos feladatbővülést. Újabb elem a versenyszervezés, az előadói adatbázis és a honlap építése.

Az elmúlt években nagymértékben szélesedett ki az RPI képzési tevékenysége, a köznevelési törvény, a helyi tanterv, a keresztyén pedagógia, a katechetikai képzések és a gyermekek körében végzett szolgálatra való felkészítés területén. A kapcsolatépítést is szolgálja a holland és határon túli pedagógiai gyakorlatok ismertté tétele. A 2013. évtől kezdve az RPI működtetésében részt vállal a Károli Gáspár Református Egyetem, mint közreműködő szervezet.

Az RPI együttműködik a MRE megfelelő szervezeteivel, testületeivel, kapcsolatot tart különböző oktatási, pedagógiai intézményekkel.

A köznevelési rendszer megváltozásával alapvetően megváltozott az RPI feladata is. Az intézeten belül két munkacsoport jött létre, a katechetikai csoport a már ott dolgozó munkatársakból, a köznevelési csoport pedig az igazgatóból, és újonnan felvett köznevelési szakemberekből. A munkatársi tématerületeket a jelenleg hatályos jogszabályi környezet rendelkezésein túl alapvetően meghatározza a 326/2013 (VIII.30.) Kormányrendelet, amely alapján az egyházi fenntartású pedagógiai szakmai szolgáltató intézet részt vesz a minősítő vizsgák, eljárások és esetlegesen a tanfelügyeleti vizsgálatok munkájában.

Kiemelten fontosnak tartjuk, hogy kollégáink élő kapcsolatban legyenek a köznevelés és a pedagógusképzés intézményrendszerével. Munkatársaink közül többen dolgoznak pedagógusként a köznevelésben, vesznek részt oktatóként a Károli Gáspár Református Egyetemen folyó pedagógusképzésben illetve tevékenykednek hitoktatóként.

A Református Pedagógiai Intézet 1994 és 2016 között végzett szolgálatáról bővebben is olvashatnak A reformáció tanítása - a tanítás reformációja című kötetben.